Eίναι ιδιαίτερα πλούσιος σε βιοποικιλότητα
Ο πιο φημισμένος ποταμός της Θεσσαλίας είναι ο Πηνειός, ο οποίος πηγάζει από την Πίνδο και ύστερα από 216 χιλιόμετρα, έχοντας περάσει από τη δυτική Θεσσαλία, τον θεσσαλικό κάμπο και την κοιλάδα των Τεμπών, εκβάλλει στο Αιγαίο.
Το Δέλτα του είναι κοντά στο Στόμιο. Είναι ο τρίτος μεγαλύτερος σε μήκος ποταμός της Ελλάδας με τεράστια λεκάνη απορροής, έκτασης 10.700 τετραγωνικών χιλιομέτρων.
Μάλιστα, ο ποταμός αναφέρεται από τον Όμηρο ως «αργυροδίνης», λόγω της ομορφιάς των νερών του. Σύμφωνα με τη μυθολογία, ήταν κατοικία των Νυμφών και δημιουργήθηκε από το κλάμα των βουνών Πίνδου και Λίγκου για τη χαμένη τους αγάπη. Τον Μεσαίωνα αναφέρεται και ως Σαλαβριάς, όνομα που φαίνεται να προέρχεται από την Άννα Κομνηνή.
Παρά τις μεγάλες πιέσεις που δέχεται, τόσο από τη ρύπανση όσο και από την άντληση των νερών του, εξακολουθεί να είναι ιδιαίτερα πλούσιος σε βιοποικιλότητα. Παρόχθια δάση με πλατάνια, ιτιές και λεύκες στολίζουν το πέρασμά του, ενώ ειδικά από την περιοχή των Τεμπών μέχρι τις εκβολές το τοπίο είναι εξαιρετικής ομορφιάς.