Η ύπαρξη του χωριού χρονολογείται από την εποχή της Ενετοκρατίας
Οι Μαργαρίτες στο Ρέθυμνο της Κρήτης έχουν παράδοση στην αγγειοπλαστική και πολλοί το γνωρίζουν ως το χωριό των πιθαράδων.
Τριγυρνώντας στα σοκάκια βλέπεις τις μεγάλες γλάστρες από πηλό έξω από τις πόρτες και τους λιγοστούς τουρίστες να μπαίνουν στα κεραμοποιεία. Τα λουλούδια κατακλύζουν τις αυλές, κεραμικά είναι κρεμασμένα στους τοίχους, πιθάρια κοσμούν τους κήπους. Κι απολαμβάνει μια γωνιά της Κρήτης που είναι μαγνήτης τόσο για το υπέροχο τοπίο όσο και για τις δημιουργίες των ανθρώπων της.
Οι Μαργαρίτες «ανθίζουν» στους βόρειους πρόποδες του Ψηλορείτη, σε υψόμετρο 300 μέτρων και σε απόσταση 27 χιλιομέτρων από το Ρέθυμνο. Ο πολιτιστικός πλούτος, το ευχάριστο κλίμα, η εύφορη και πλούσια γη συνθέτουν τι ψηφιδωτό της μακραίωνης ιστορίας τους, καθώς ο οικισμός άκμαζε ήδη από το τέλος του Βυζαντίου και την αρχή της Ενετοκρατίας. Στο χωριό αυτό γεννήθηκε ο ηγούμενος της Μονής Αρκαδίου Γαβριήλ Μαρινάκης, ο πρωταγωνιστής της ανατίναξης του μοναστηριού που έγινε το 1866 στο όνομα της ελευθερίας.
Η τέχνη του πηλού, που σήμερα είναι το σήμα κατατεθέν του χωριού, συνδέεται με τον πλούτο κοιτασμάτων αργιλοχώματος στην περιοχή και είναι άρρηκτα δεμένη με την ιστορία του, αναδεικνύοντας τις Μαργαρίτες μεταξύ των μεγαλύτερων κέντρων κεραμικής στην Ελλάδα. Τουλάχιστον δεκαέξι εργαστήρια- εκθέσεις κεραμικής, τα φημισμένα «τσικαλαριά»- επειδή κάποτε έφτιαχναν τσικάλια, δηλαδή πήλινες κατσαρόλες- ασχολούνται με μοντέρνες αλλά και παραδοσιακές κατασκευές.
Στο Μουσείο Κεραμικής, στην πλατεία του χωριού, μπορείτε να θαυμάσετε τη μεγάλη συλλογή κεραμικών δημιουργιών που αναδεικνύει την τέχνη των ντόπιων.
Η αρχιτεκτονική του χωριού έχει ξεχωριστό ενδιαφέρον καθώς παραπέμπει στην Ενετοκρατία κι έτσι αφθονούν τα ενετικά και βυζαντινά κτίσματα και τα σπίτια με τις σκαλιστές πόρτες. Κάντε μια στάση στην αναπαλαιωμένη Ιερά Μονή Σωτήρος Χριστού και Αγίου Γεδεών που στέκει αγέρωχη από τον 16ο αιώνα. Ενδιαφέρον έχουν κι άλλες εκκλησίες στις Μαργαρίτες, όπως ο Άγιος Ιωαννής Θεολόγος με το πέτρινο τέμπλο, η παλαιότερη εκκλησία όλων. Στον αυλόγυρό του είναι θαμμένοι νεκροί του Αρκαδίου.
Έξω από τις Μαργαρίτες βρίσκεται ένα από τα πιο σημαντικά μνημεία ολόκληρου του νομού Ρεθύμνου, ο υστερομινωικός θολωτός τάφος που χρονολογείται απ’ το 1350 π.Χ. και στον οποίο ανακαλύφθηκαν τα οστά τεσσάρων ενηλίκων και δύο παιδιών.
Όπως στα περισσότερα μέρη της Κρήτης, έτσι κι εδώ το τοπίο αποτελεί από μόνο του ξεχωριστό «αξιοθέατο» με εκπληκτικά δάση με κυπαρίσσια να το περιβάλλουν. Ακολουθήστε το μονοπάτι που οδηγεί στο φαράγγι, μέσα από πανέμορφες διαδρομές, ή απολαύστε τη θέα του φαραγγιού από το πάρκο στα νότια του χωριού. Το σπήλαιο στη δυτική πλευρά του συνδέεται με τις παραδόσεις των Κρητών για τον Διγενή Ακρίτα.
