Σήμερα, 16 χρόνια από την τραγική και αδόκητη απώλεια του Γιάννου Κρανιδιώτη, το υπουργείο Εξωτερικών εκφράζει τιμή στη μνήμη και την πολιτική και διπλωματική παρακαταθήκη ενός επιφανούς διπλωμάτη, ακαδημαϊκού και πολιτικού που υπηρέτησε με όραμα και αίσθημα ευθύνης τα συμφέροντα του Ελληνισμού και συνέβαλε καθοριστικά στην ένταξη της Κυπριακής Δημοκρατίας στην Ευρωπαϊκή Ένωση.
“Σε μία δύσκολη συγκυρία”, τονίζει σχετική ανακοίνωση, “για την Ελλάδα και τον Ελληνισμό γενικότερα και καθώς συνεχίζονται οι διαπραγματεύσεις για μια δίκαιη και βιώσιμη λύση του Κυπριακού προβλήματος, η οποία υποχρεωτικά θα πρέπει να λαμβάνει υπόψη της τα δεδομένα που έχουν δημιουργηθεί από τη συμμετοχή της Κυπριακής Δημοκρατίας στην Ευρωπαϊκή Ένωση, αισθανόμαστε για μια ακόμα φορά το δυσαναπλήρωτο κενό που άφησε ο πρόωρος θάνατος του Γιάννου Κρανιδιώτη και τιμούμε με σεβασμό την πολιτική και διπλωματική του παρακαταθήκη”.
Στις 14 Σεπτεμβρίου 1999, ο Γιάννος Κρανιδιώτης μαζί με το γιο του και άλλους υπηρεσιακούς παράγοντες μετέβαινε με το υπηρεσιακό αεροσκάφος τύπου Φάλκον της Ελληνικής Κυβέρνησης στο Βουκουρέστι, προκειμένου να συμμετάσχει σε Διαβαλκανική Διάσκεψη των υπουργών Εξωτερικών. Είκοσι λεπτά πριν την προσγείωση, το αεροσκάφος υπέστη σφοδρές αναταράξεις και έχασε απότομα ύψος, πέφτοντας από τα 25.000 στα 5.000 πόδια. Αποτέλεσμα ήταν να βρουν τραγικό θάνατο έξι από τους 13 συνολικά επιβαίνοντες που εκείνη την ώρα δεν ήταν δεμένοι στις θέσεις τους: ο Γιάννος Κρανιδιώτης, ο γιος του, Νικόλας, οι δημοσιογράφοι Δημήτρης Πανταζόπουλος (της ΕΡΤ) και Νίνα Ασημακοπούλου (της ΕΡΑ), ο εικονολήπτης της ΕΡΤ Παναγιώτης Πούλος , ο συνοδός της φρουράς του, αστυνόμος Νίκος Ασημακόπουλος και ο μηχανικός του αεροσκάφους Μιχάλης Παπαδόπουλος.