Αντιδράσεις προκαλεί η δήλωση του Νίκου Φίλη για τη γενοκτονία των προσφύγων, με τον πρόεδρο της Πανελλήνιας Ομοσπονδίας Ποντιακών Συλλόγων, Χαράλαμπο Αποστολίδη, να συγκρίνει τον υπουργό Παιδείας με τη Μαρία Ρεπούση και να κάνει λόγο για κίνηση «στα όρια της εθνικής προδοσίας».
Μιλώντας στον ραδιοφωνικό σταθμό Focus Θεσσαλονίκης 103,6, ο κ. Αποστολίδης χαρακτήρισε τον υπουργό Παιδείας ως «προσωποποίηση της Κερκόπορτας και του Εφιάλτη», συμπληρώνοντας ότι «έλειψε από τη Βουλή η κ. Ρεπούση και μάλλον ο κ. Φίλης έσπευσε να συμπληρώσει το κενό».
Ο κ. Αποστολίδης δήλωσε ότι «ο Νίκος Φίλης κινείται στα όρια της εθνικής προδοσίας», συμπληρώνοντας ότι τη γενοκτονία των Ποντίων την έχουν αναγνωρίσει μεταξύ άλλων τόσο ευρωπαϊκά κοινοβούλια, όσο και αμερικανικές πολιτείες.
Ο κύριος Φίλης σε τηλεοπτική του συνέντευξη είπε χαρακτηριστικά σε σχέση με το ζήτημα: «Κάναμε διάκριση ανάμεσα στην εθνοκάθαρση την αιματηρή και το φαινόμενο της γενοκτονίας. Αυτό δεν σημαίνει ότι δεν αναγνωρίζουμε το αίμα, τον πόνο, όσα έχουν υποστεί οι Πόντιοι, από τη θηριωδία των Τούρκων. Αυτό είναι άλλο πράγμα και άλλο πράγμα η γενοκτονία με αυστηρή επιστημονική έννοια».
