Η μισθοδοσία του Ορθόδοξου Κλήρου, όπως και η χρηματοδότηση της εκκλησιαστικής εκπαίδευσης αποτελεί υποχρέωση της Πολιτείας, την οποία η ίδια διακήρυξε στα κείμενα των Επαναστατικών Εθνοσυνελεύσεων των Αντιπροσώπων του Ελληνικού Λαού (1822, 1829), σε αντάλλαγμα της παραχώρησης της εκκλησιαστικής περιουσίας στο Δημόσιο».
Τα παραπάνω αναφέρονται μεταξύ των άλλων σε ανακοίνωση του ΓΓ Θρησκευμάτων κ. Καλαντζή σχετικά με ερωτήσεις και δημοσιεύματα αλλοδαπών μέσων ενημέρωσης που αφορούν την φορολόγηση της Εκκλησίας της Ελλάδος και τη μισθοδοσία των Κληρικών.
Ο κ. Καλαντζής προέβη στις ακόλουθες διευκρινίσεις για την κατάσταση ως έχει σήμερα:
Α. Φορολόγηση Εκκλησίας της Ελλάδος
1. Όλοι οι φορείς της Ορθόδοξης Εκκλησίας της Ελλάδος, της Εκκλησίας της Κρήτης και των Ιερών Μητροπόλεων της Δωδεκανήσου φορολογούνται για το εισόδημα, που τυχόν αποκτούν, σύμφωνα με όσα προβλέπονται για όλα τα νομικά πρόσωπα στον Κώδικα Φορολογίας Εισοδήματος (Νόμος 4173/2014).
2. Οι φορείς της Εκκλησίας της Ελλάδος, της Εκκλησίας της Κρήτης και των Ιερών Μητροπόλεων της Δωδεκανήσου δεν έχουν καμία ειδική απαλλαγή από τον Φ.Π.Α. (Νόμος 2859/2000).
3. Οι φορείς της Εκκλησίας της Ελλάδος, της Εκκλησίας της Κρήτης και των Ιερών Μητροπόλεων της Δωδεκανήσου πληρώνουν κύριο και συμπληρωματικό ΕΝ.Φ.Ι.Α. για όλα τα ακίνητά τους (Νόμος 4223/2013) συμπεριλαμβανομένων χιλιάδων στρεμμάτων δασών και δασικών εκτάσεων των οποίων δεν είναι επιτρεπτή η αξιοποίησή τους. Απαλλάσσονται από τον ΕΝ.Φ.Ι.Α. μόνο οι λατρευτικοί χώροι (Ναοί και Μοναστήρια) και οι κοινωφελείς χώροι (π.χ. γηροκομεία, αίθουσες συσσιτίων) που ιδιοχρησιμοποιούν. Η συγκεκριμένη απαλλαγή ισχύει για όλες τις θρησκείες και δόγματα (θρησκευτικές κοινότητες) της χώρας, που διαθέτουν νόμιμα υφισταμένους λατρευτικούς χώρους ή χώρους με αντίστοιχη κοινωφελή χρήση, αλλά και για όλους τους μη κερδοσκοπικούς φορείς στην Ελλάδα για τα ακίνητά τους που εξυπηρετούν μορφωτικούς, εκπαιδευτικούς, πολιτιστικούς, αθλητικούς, θρησκευτικούς, φιλανθρωπικούς και κοινωφελείς σκοπούς.
4. Σχετικά με τις υποχρεώσεις παρακράτησης και απόδοσης φόρων, τελών και κρατήσεων ισχύουν για τους φορείς της Εκκλησίας της Ελλάδος, της Εκκλησίας της Κρήτης και των Ιερών Μητροπόλεων της Δωδεκανήσου, αυτά ακριβώς που ισχύουν για τα νομικά πρόσωπα γενικά.
5. Η Εκκλησία της Ελλάδος, η Εκκλησία της Κρήτης και οι Ιερές Μητροπόλεις της Δωδεκανήσου είναι νομικά πρόσωπα δημοσίου δικαίου με θρησκευτικό χαρακτήρα και αυτοχρηματοδοτούμενα, δηλαδή η λειτουργία τους, η συντήρηση των κτηριακών υποδομών τους και η ευρύτατη κοινωφελής προσφορά τους βασίζεται στις εισφορές, τις δωρεές και την εθελοντική εργασία των Ορθοδόξων Χριστιανών, καθώς και στην αξιοποίηση τυχόν περιουσίας που διαθέτουν.
Β. Μισθοδοσία του Ιερού Κλήρου
Σχετικά με τη μισθοδοσία των Ορθόδοξων Κληρικών η Γενική Γραμματεία Θρησκευμάτων εξέδωσε στις 6/9/2012 δελτίο τύπου στο οποίο αναφέρονταν αναλυτικά οι αποδοχές του Ιερού Κλήρου και σημειωνόταν χαρακτηριστικά: «Ο Ιερός Κλήρος υπάγεται στο ενιαίο μισθολόγιο χωρίς καμία θετική ή αρνητική διάκριση. Ο Μακαριώτατος Αρχιεπίσκοπος Αθηνών και πάσης Ελλάδος, οι Σεβασμιώτατοι Μητροπολίτες και ο Ιερός Κλήρος δεν έχουν εξαιρεθεί από καμία γενικότερη μισθολογική μείωση ούτε ζήτησαν να εξαιρεθούν». Αξίζει να συμπληρωθεί, επίσης, και ότι δεν έκαναν καμία κίνηση δικαστικού χαρακτήρα για να εξαιρεθούν.
Η μισθοδοσία του Ορθόδοξου Κλήρου, όπως και η χρηματοδότηση της εκκλησιαστικής εκπαίδευσης αποτελεί υποχρέωση της Πολιτείας, την οποία η ίδια διακήρυξε στα κείμενα των Επαναστατικών Εθνοσυνελεύσεων των Αντιπροσώπων του Ελληνικού Λαού (1822, 1829), σε αντάλλαγμα της παραχώρησης της εκκλησιαστικής περιουσίας στο Δημόσιο. Η παραχώρηση πραγματοποιήθηκε σταδιακά (δημιουργία δημόσιων οργανισμών εκμετάλλευσης εκκλησιαστικής περιουσίας για την στήριξη της δημόσιας Παιδείας και τη βελτίωση της κατάστασης του Κλήρου στις 13/10/1834, στις 19/11/1909 και στις 10/5/1930, αφαίρεση μοναστηριακών ακινήτων για αποκατάσταση αγροτών και προσφύγων αμέσως μετά τη Μικρασιατική Καταστροφή, Σύμβαση παραχώρησης των 4/5 αγροτολιβαδικής περιουσίας των Μονών στις 18/9/1952, Σύμβαση παραχώρησης δασικής και αγροτολιβαδικής περιουσίας των Μονών στις 11/5/1988). Η συζήτηση περί μισθοδοσίας του Ιερού Κλήρου συνδέεται με την συζήτηση περί επιστροφής της εκκλησιαστικής περιουσίας, η οποία μπορεί να οδηγήσει στην επιβάρυνση των Ελλήνων φορολογουμένων με ποσά απροσδιορίστου ύψους.
Πρέπει, επίσης, να είναι σαφές ότι η καταβολή της μισθοδοσίας των Κληρικών πραγματοποιείται απευθείας από το Δημόσιο προς τους ίδιους τους Κληρικούς. Δεν μεταβιβάζονται χρήματα του Δημοσίου στις Ιερές Μητροπόλεις για τον παραπάνω σκοπό ούτε προβλέπεται στον ετήσιο προϋπολογισμό εξόδων του Κράτους οποιαδήποτε τακτική επιχορήγηση προς τους φορείς της ορθόδοξης Εκκλησίας της Ελλάδος, της Εκκλησίας της Κρήτης ή των Ιερών Μητροπόλεων των Δωδεκανήσων. Συνεπώς, οι Ιερές Μητροπόλεις δεν διαχειρίζονται «δημόσιο χρήμα».