"Μαχαίρι" στις επιχορηγήσεις του Πράσινου Ταμείου βάζει το 2013 η Κυβέρνηση, καθώς αφαιρεί πόρους από το ταμείο για να κλείσει "τρύπες".
Σημειώνεται πως σκοπός του Πράσινου Ταμείου είναι η στήριξη της περιβαλλοντικής πολιτικής της χώρας και η ενίσχυση της ανάπτυξης μέσω της προστασίας του περιβάλλοντος με την διαχειριστική, οικονομική, τεχνική και χρηματοπιστωτική υποστήριξη προγραμμάτων, μέτρων, παρεμβάσεων και ενεργειών που αποβλέπουν στην ανάδειξη και αποκατάσταση του περιβάλλοντος.
Τα έσοδα του Πράσινου Ταμείου προέρχονται από τη ρύθμιση αυθαιρέτων, τα τέλη διαδικασιών περιβαλλοντικής αδειοδότησης και λοιπά πρόστιμα, τα οποία όμως το 2013 προβλέπονται μειωμένα σε σχέση με το 2012. Η μείωση αυτή θα προέλθει κατά κύριο λόγο από τη χαμηλή εισροή εσόδων, λόγω της μεταφοράς τους σε άλλους κωδικούς του Προϋπολογισμού.
Έτσι, το 2013 το ανώτατο όριο στους πόρους που μπορεί να διαθέτει το Πράσινο Ταμείο για τις λειτουργικές δαπάνες και την επίτευξη των σκοπών κατά τη διάρκεια εφαρμογής του Μεσοπρόθεσμου Πλαισίου Δημοσιονομικής Στρατηγικής μειώνεται στο 2,5%, από το 5% επί του συνόλου των διαθεσίμων του κατά το 2012.