Σε κάθε συναλλαγή μεταξύ επιχειρήσεων και δημόσιων αρχών, η οποία οδηγεί στην παράδοση αγαθών ή στην παροχή υπηρεσιών έναντι αμοιβής, θα μπορεί να εφαρμόζεται πλέον ο συμψηφισμός ΦΠΑ.
Σύμφωνα με το πολυνομοσχέδιο του υπουργείου Οικονομικών ο αναλογών Φόρος Προστιθέμενης Αξίας σε βέβαιη και προσδιορισμένη από φορολογικό στοιχείο απαίτηση επί εμπορικών συναλλαγών κατά του Δημοσίου και λοιπών φορέων της γενικής κυβέρνησης, θα συμψηφίζεται με τον ΦΠΑ που αναλογεί στο ίδιο φορολογικό στοιχείο με βάση την υποβαλλόμενη από τον υπόχρεο αρχική εμπρόθεσμη περιοδική δήλωση ΦΠΑ.
Ο συμψηφισμός θα διενεργείται αυτοδικαίως και υποχρεωτικά, με την καταχώριση του σχετικού παραστατικού στοιχείου από τον φορέα της Γενικής Κυβέρνησης, σε ηλεκτρονική εφαρμογή, το οποίο διασταυρώνεται με τα καταχωρημένα από τον εκδότη του φορολογικού στοιχείου δεδομένα στην ίδια ηλεκτρονική εφαρμογή εφόσον μεσολαβήσει έγγραφη αποδοχή του συμψηφισμού από πλευράς του φορολογούμενου.
Κατά την υποβολή της ηλεκτρονικής περιοδικής δήλωσης ΦΠΑ, θα εμφανίζονται τα ήδη συμψηφισθέντα τιμολόγια, εφόσον έχει προηγουμένως γίνει ηλεκτρονική διασταύρωση και ταυτοποίηση των στοιχείων που εισάγονται με αποκλειστική ευθύνη του αρμόδιου κατά περίπτωση φορέα της Γενικής Κυβέρνησης, με τα στοιχεία που εισάγει ο υπόχρεος για την περιοδική δήλωση ΦΠΑ.
Οι φορείς της Γενικής Κυβέρνησης υποχρεούνται να καταχωρούν τα εν λόγω τιμολόγια μετά την υποβολή των τιμολογίων των προμηθευτών τους προς πληρωμή, και εντός αποκλειστικής προθεσμίας πέντε εργάσιμων ημερών από την υποβολή τους από τους προμηθευτές και σε κάθε περίπτωση δύο ημέρες πριν από την εκπνοή της προθεσμίας εμπρόθεσμης υποβολής του υπόχρεου σε υποβολή δήλωσης ΦΠΑ.
Μετά την αποδοχή του συμψηφισμού οι φορείς της Γενικής Κυβέρνησης θα υποχρεούνται να προβαίνουν στη εξόφληση του ποσού αυτού μέχρι και του ύψους του αναλογούντος ΦΠΑ, εντός αποκλειστικής προθεσμίας δύο ημερών πριν από την εκπνοή του μήνα στον οποίο εμπρόθεσμα υποβλήθηκε η δήλωση του υπόχρεου σε υποβολή δήλωσης ΦΠΑ.
Η απόδοση των ανωτέρω ποσών από τους φορείς της Γενικής Κυβέρνησης θα διενεργείται σε βάρος των πιστώσεων του προϋπολογισμού τους, επί των ήδη αναληφθεισών πιστώσεων για την πραγματοποίηση της δαπάνης που τους βαρύνει και για την οποία έχει εκδοθεί το παραστατικό στοιχείο και μέσω της έκδοσης άλλων τίτλων πληρωμής πέραν εκείνων που έχουν καθοριστεί με τις ισχύουσες διατάξεις.
Οι φορείς της Γενικής Κυβέρνησης, οι οποίοι δεν αποδίδουν τον οφειλόμενο ΦΠΑ για λογαριασμό των προμηθευτών τους προς αποκατάσταση του ελλείμματος του κεντρικού λογαριασμού που θα συσταθεί για το σκοπό αυτό, με διαπιστωτική πράξη του υπουργού ή του εξουσιοδοτημένου από αυτόν οργάνου, υπόκεινται είτε σε ισόποση μείωση του προϋπολογισμού τους, εάν πρόκειται για φορείς της Κεντρικής Διοίκησης, είτε σε ισόποση περικοπή των επιχορηγήσεών τους ή κάθε είδους μεταβιβαστικών προς αυτούς πληρωμών, εάν πρόκειται για επιχορηγούμενους φορείς, είτε σε περικοπή του προϋπολογισμού του εποπτεύοντος φορέα εάν πρόκειται για μη επιχορηγούμενους φορείς.
Πέραν των ανωτέρω κυρώσεων τα όργανα των εν λόγω φορέων που είναι αρμόδια για την πληρωμή του οφειλόμενου ΦΠΑ, θεωρούνται δημόσιοι υπόλογοι και καταλογίζονται με το ποσό του ελλείμματος.
Η δαπάνη που τυχόν προκύπτει από τον μη αποδοθέντα και οφειλόμενο από τους φορείς ΦΠΑ δύναται να καλύπτεται από τις πιστώσεις του υπουργείου Οικονομικών. Κατά την εκκαθάριση της κύριας απαίτησης του δικαιούχου, ο οικείος φορέας θα καταβάλλει μόνο το ποσό της καθαρής αξίας του τιμολογίου. Σε περίπτωση που η δαπάνη κριθεί μη νόμιμη ή και μη κανονική ο φορέας δεν θα διατηρεί απαίτηση έναντι του Δημοσίου για επιστροφή ΦΠΑ και θα αναζητά το ποσό του ΦΠΑ. που κατέβαλε από τον ιδιώτη κομιστή του τιμολογίου.
Οι λεπτομέρειες σχετικά με τη διαδικασία συμψηφισμού των απαιτήσεων, θέματα σχετικά με την ηλεκτρονική βάση υποβολής και διασταύρωσης στοιχείων που θα τηρείται στη Γενική Γραμματεία Δημοσίων Εσόδων, τα ζητήματα σχετικά με τους τίτλους πληρωμής της δαπάνης απόδοσης του ΦΠΑ, τα αρμόδια όργανα για την εκκαθάριση, ο τρόπος και τα απαιτούμενα δικαιολογητικά για την εξόφληση του ΦΠΑ, αλλά και όλες οι προθεσμίες θα προσδιορισθούν με απόφαση του υπουργού Οικονομικών.
