Το Συμβούλιο της Επικρατείας (ΣτΕ), με τις υπ΄ αριθμ. 3302 και 3316/2013 αποφάσεις του, έκρινε νόμιμο και σύμφωνο, με την Ευρωπαϊκή νομοθεσία και νομολογία, να μπορεί ο υπουργός Εμπορικής Ναυτιλίας να προσδιορίζει το ανώτατο πλαφόν των εισιτηρίων των πλοίων, όπως και το ωράριο των δρομολογίων τους και απέρριψε τις προσφυγές δύο ναυτιλιακών εταιρειών.
Ειδικότερα, οι ναυτιλιακές εταιρείες ζητούσαν από το ΣτΕ να ακυρωθούν, ως παράνομες και αντίθετες στην Ευρωπαϊκή νομοθεσία και τις αποφάσεις του Δικαστηρίου της Ευρωπαϊκής Ένωσης, δύο αποφάσεις του υπουργού Εμπορικής Ναυτιλίας, με τις οποίες καθορίστηκαν οι τιμές των ναύλων των επιβατών και οχημάτων, κατά κατηγορία πλοίων, και έγιναν αλλαγές στο ωράριο των δρομολογίων ακτοπλοϊκής γραμμής.Οι ναυτιλιακές εταιρείες υποστήριζαν ότι ο καθορισμός των ναύλων, από τον υπουργό Εμπορικής Ναυτιλίας παραβιάζει συνταγματικά κατοχυρωμένα δικαιώματα, την Ευρωπαϊκή νομοθεσία και νομολογία.Το ΣτΕ επικαλούμενο το δημόσιο συμφέρον και τις συνταγματικές επιταγές, απέρριψε, ως αβάσιμους, όλους τους ισχυρισμούς των ναυτιλιακών εταιρειών.
Συγκεκριμένα αναφέρει ότι ο καθορισμός των ναύλων των πλοίων γίνεται με κριτήριο την εξυπηρέτηση του δημοσίου συμφέροντος, χωρίς να δημιουργούνται διακρίσεις μεταξύ των πλοιοκτητών, ενώ παράλληλα έκρινε ότι είναι σύμφωνη με τις συνταγματικές αρχές της αναλογικότητας και την Ευρωπαϊκή νομοθεσία και νομολογία ο καθορισμός ανωτάτων επιτρεπομένων τιμών ναύλων για όλες τις συνδέσεις των λιμανιών.Αναφορικά, με το ωράριο των δρομολογίων οι δικαστές απέρριψαν, επίσης ως αβάσιμους, τους ισχυρισμούς των ναυτιλιακών εταιρειών, οι οποίες ζητούσαν να ακυρωθεί η απόφαση που τροποποιεί τις ώρες δρομολογίου πλοίου, για λόγους ασφαλείας του πλοίου και της τάξεως στα λιμάνια. Να σημειωθεί ότι της απόφασης του υπουργού Εμπορικής Ναυτιλίας είχε προηγηθεί έγγραφο του Λιμεναρχείου για ταυτόχρονες αφιξο-αναχωρήσεις πλοίων, που εγκυμονούν κινδύνους στην ασφάλεια της ναυσιπλοΐας.
