Συνολικά 118 εφορίες θα παραμείνουν σε όλη την Ελλάδα στα πλαίσια της νέας εσωτερικής διάρθρωσης των οργανικών μονάδων της Γενικής Γραμματείας Δημοσίων Εσόδων του υπουργείου Οικονομικών, ενώ δύο υπερ- διευθύνσεις της ΓΓΔΕ θα είναι αρμόδιες για την πάταξη της φοροδιαφυγής.
Το νέο οργανόγραμμα της Γενικής Γραμματείας Δημοσίων Εσόδων ουσιαστικά αποτελεί την «πράξη αυτονόμησης» της Γραμματείας από τον υπόλοιπο σκελετό των υπηρεσιών του υπουργείου Οικονομικών. Οι δύο ισχυρότερες Διευθύνσεις της ανεξάρτητης πλέον Γενικής Γραμματείας Δημοσίων Εσόδων είναι η Διεύθυνση Φορολογικής Συμμόρφωσης και η Διεύθυνση Ελέγχων.
Η Διεύθυνση Φορολογικής Συμμόρφωσης αποτελείται από τα τμήματα δράσεων προληπτικής συμμόρφωσης, διασταυρώσεων, αξιολόγησης και στόχευσης ελεγχομένων και οφειλετών, μετρήσεων και στατιστικής ανάλυσης και το τμήμα συμμόρφωσης στην υποβολή δηλώσεων.
Η Διεύθυνση Ελέγχων θα διαρθρώνεται σε έξι τμήματα, ως εξής: Επιχειρησιακού σχεδιασμού, υποστήριξης ελεγκτικού έργου, αξιολόγησης αποτελεσμάτων ελεγκτικού έργου , ειδικών φορολογικών ελέγχων, εποπτείας και ελέγχου για την αντιμετώπιση της νομιμοποίησης εσόδων από εγκληματικές δραστηριότητες και της χρηματοδότησης της τρομοκρατίας και το τμήμα διοικητικής συνεργασίας και ανταλλαγής πληροφοριών στον τομέα του ΦΠΑ.
Οι επιχειρησιακοί στόχοι της Διεύθυνσης Φορολογικής Συμμόρφωσης είναι η βελτίωση της συμμόρφωσης των φορολογουμένων ως προς τις φορολογικές τους υποχρεώσεις (όπως, για Φ.Π.Α., Φ.Μ.Υ., λοιπούς παρακρατούμενους φόρους, «φρέσκα» ληξιπρόθεσμα χρέη), με την χρήση σύγχρονων επικοινωνιακών μέσων, η διενέργεια στόχευσης για την επιλογή υποθέσεων όλων των ειδών ελέγχου με την χρήση μεθόδων ανάλυσης κινδύνου, με στόχο τη μείωση της φοροδιαφυγής και την διεύρυνση της φορολογικής βάσης, η βελτίωση της συμμόρφωσης των φορολογουμένων ως προς την υποβολή αρχικών ή τροποποιητικών δηλώσεων (όπως, Φ.Ε.Φ.Π., Φ.Ε.Ν.Π., Φ.Π.Α., Φ.Μ.Υ.), οι διασταυρώσεις σχετικά με στοιχεία της βάσης δεδομένων του Μητρώου των φορολογουμένων και η ευθύνη για την αξιοποίηση δεδομένων για την κεντρική έκδοση πράξεων προσδιορισμού φόρου, όπου είναι δυνατόν, σε συνεργασία με την Διεύθυνση Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης ΓΓΔΕ.
Οι επιχειρησιακοί στόχοι της Διεύθυνσης Ελέγχων είναι ο εντοπισμός και η καταπολέμηση της φοροαποφυγής και η τιμωρία της φοροδιαφυγής, η βελτίωση της αποτελεσματικότητας και της αποδοτικότητας του φοροελεγκτικού μηχανισμού και η αποκατάσταση της εμπιστοσύνης των φορολογουμένων, η βελτίωση της ποιότητας του ελεγκτικού έργου του φοροελεγκτικού μηχανισμού για την μεγιστοποίηση της διασφάλισης των συμφερόντων του Δημοσίου, η διοικητική συνεργασία και η ανταλλαγή πληροφοριών με άλλα κράτη μέλη της ΕΕ στον τομέα ΦΠΑ και η ευθύνη για την παρακολούθηση του βαθμού επίτευξης των στόχων που έχουν τεθεί για φορολογικούς ελέγχους στα Ελεγκτικά Κέντρα και στις ΔΟΥ.