Όταν μια μοτοσυκλέτα διανύει την φάση της ωριμότητάς της, πορεύεται πλήρης πλέον και ισορροπημένη, λίγα πράγματα μπορούν να γίνουν ώστε να δικαιολογήσει τον χαρακτηρισμό ως νέο μοντέλο για την επόμενη χρονιά. Έτσι, απλά την ντύνεις με νέα χρώματα.
Μετά την προσθήκη συστήματος ελέγχου της πρόσφυσης (tractioncontrol) το 2012, το τμήμα εξέλιξης της εταιρείας ασχολήθηκε με ένα μόνο στοιχείο, ώστε να δημιουργήσει το μοντέλο του 2013: τις παραλλαγές σε χρωματισμούς.
Πέρα από τα μονόχρωμα σε ανθρακί, κόκκινο και κορακί, το R1 διατίθεται και στον αγωνιστικό συνδυασμό λευκού και μπλέ, μεταφέροντας κάτι από τη δόξα της πλέον ολοκληρωμένης μοτοσυκλέτας του MotoGP.
Κατά τα άλλα, το μοντέλο είναι ταυτόσημο με του 2012 σε κάθε λεπτομέρεια, ακολουθώντας το ρητό "ό,τι πάει, δεν το πειράζεις". Με την επιτυχία του μοντέλου - κυρίως στην Αμερική, καθώς στην Ευρώπη τα superbikes έχουν καταποντιστεί -, δεν υπήρχε λόγος για περαιτέρω επεμβάσεις.
Από την άλλη, η διατήρηση του μοντέλου χωρίς να έχει επιβαρυνθεί με το κόστος εξέλιξης και αλλαγών, θα βοηθήσει στη συγκράτηση της τιμής του σε ανταγωνιστικά επίπεδα. Κι αν ο Lorenzo κάνει το θαύμα του και κερδίσει τον τίτλο στο παγκόσμιο πρωτάθλημα ταχύτητας με την Yamaha M1, τότε και η Yamaha R1 θα έχει μια επιπλέον ώθηση για μια καλή εμπορική πορεία…