Στην προαγωγή αρκετών αξιωματικών, ως επίδειξη της υποστήριξής του προς τα στρατεύματα της χώρας έχει προχωρήσει ο Αιγύπτιος Πρόεδρος Μοχάμεντ Μόρσι. Η στάση του όμως, δεν αφήνει ανενόχλητη την κοινή γνώμη, ιδιαίτερα μετά τις δρυμείς κατηγορίες εναντίον του αιγυπτιακού στρατού για αμέλεια που ακολούθησαν μετά τη διαρροή έρευνας πρώτου βαθμού.
Συγκεκριμένα, οι αξιωματικοί κατηγορούνται για δολοφονία, βασανιστήρια και απαγωγές πολιτών κατά τη διάρκεια των διαδηλώσεων του 2011, σύμφωνα με έρευνα που διεξήχθη με εντολή του ίδιου του Μόρσι. Η έκθεση με το πόρισμα της έρευνας κατεστάλη, όμως τμήματα δημοσιεύτηκαν από τη Guardian, σύμφωνα με τα οποία, οι στρατιωτικοί γιατροί έλαβαν εντολή να χειρουργούν χωρίς τη χρήση αναισθητικού σε τραυματίες διαδηλωτές το Μάιο του 2012. Από πλευράς τους, τα στρατεύματα αρνούνται κάθε κατηγορία με τον Υπουργό Άμυνας της χώρας να αποκαλεί τους ισχυρισμούς "προδοσία".
Εξαιτίας της σοβαρότητας των κατηγοριών, απαιτείται πλέον από το Μόρσι να οδηγήσει τους κατηγορούμενους αξιωματικούς στη δικαιοσύνη. Μία τέτοια κίνηση όμως, θα διακινδυνεύσει τις ήδη τεταμένες σχέσεις του Προέδρου με το στρατό. "Κάθε προσβολή προς τις ένοπλες δυνάμεις αποτελεί προσβολή για όλους μας και απορρίπτουμε κάθε είδος προσβολής... Ανακοινώνω σε όλο τον κόσμο το εξής: εκτιμούμε τη συμμετοχή των ενόπλων δυνάμεων στη διατήρηση της ασφάλειας και της προστασίας αυτής της χώρας" δήλωσε ο Πρόεδρος, ανάμεσα στα μέλη του Ανώτατου Συμβουλίου των Ενόπλων Δυνάμεων που κατείχαν την εξουσία της Αιγύπτου από την απομάκρυνση του Χόσνι Μουμπάρακ μέχρι την εκλογή του Μόρσι.
Ωστόσο, η απόπειρες εφησυχασμού των στρατευμάτων από το Μόρσι, απογοητεύουν τις οργανώσεις ανθρωπίνων δικαιωμάτων, οι οποίο ήλπιζαν ότι τα στοιχεία που ήρθαν στην επιφάνεια θα λαμβάνονταν σοβαρά υπόψιν.