Η ταλαιπωρία των προσφύγων στη Σομαλία δε σταματά στην εκδίωξη από τις εστίες τους, καθώς αναγκάζονται να βιώσουν σεξουαλική και άλλες μορφές κακοποίησης στους καταυλισμούς που προσφεύγουν για καταφύγιο. Η οργάνωση Human Rightws Watch (HRW) αναφέρει μεταξύ άλλων περιπτώσεις ομαδικών βιασμών γυναικών σε προσφυγικούς καταυλισμούς για τους οποίους ευθύνονται συνήθως άτομα που ανήκουν στις ένοπλες, ακόμα και στις κυβερνητικές δυνάμεις.
Συνήθη θύματα είναι γυναίκες και νεαρά κορίτσια που φοβούμενες τα αντίποινα και το στιγματισμό, καθώς υπάρχουν μαρτυρίες για ξυλοδαρμό και συλλήψεις σε βάρος εκείνων που καταγγέλλουν περιπτώσεις κακοποίησης.
Τέτοια φαινόμενα υποβοηθούνται από τους υπεύθυνους των καταυλισμών, οι οποίοι συμμαχούν με το στρατό και σφετερίζονται τη διεθνή βοήθεια που προορίζεται για τους πρόσφυγες. Στην ουσία οι καταυλισμοί λειτουργούν σαν στρατόπεδα συγκέντρωσης, εφόσον οι πρόσφυγες δεν έχουν τη δυνατότητα να φύγουν. Σύμφωνα με την έκθεση της HRW, από το 2011 κι έπειτα τα μέρη αυτά απομυζούν μεγάλα κέρδη χάρη στην προσέλευση προσφύγων γι' αυτό και οι υπεύθυνοι τους κρατούν ακόμα και παρά τη θέλησή τους.
Η στάση της νέας κυβέρνησης απέναντι στο ζήτημα είναι αναποτελεσματική, παρόλο που όταν ανέλαβε την εξουσία το Σεπτέμβριο του 2012 είχε κερδίσει τις εντυπώσεις με τις δηλώσεις της.
