Την ίδρυση Τμήματος Ισλαμικών Σπουδών στη Φιλοσοφική ή την Παιδαγωγική Σχολή του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης, είτε στο Πανεπιστήμιο της Κομοτηνής, αντί της λειτουργίας της "Εισαγωγικής Κατεύθυνσης Μουσουλμανικών Σπουδών", εντός του Τμήματος Θεολογίας του ΑΠΘ, πρότεινε, μιλώντας στο "Πρακτορείο 104,9 FM" ο μητροπολίτης Θεσσαλονίκης Άνθιμος, επισημαίνοντας ότι στο πλαίσιο αμοιβαιότητας θα πρέπει ως "ανταλλαγή" να επαναλειτουργήσει και η Θεολογική Σχολή της Χάλκης.
Ο μητροπολίτης διατύπωσε την αντίθεσή του στη λειτουργία Τμήματος Ισλαμικών Σπουδών εντός της Θεολογική Σχολής, επισημαίνοντας ότι "δεν είναι δυνατόν να συνυπάρξει η Ορθόδοξη Θεολογία με το Ισλάμ" και εκφράζοντας ανησυχία για το ενδεχόμενο επεισοδίων μεταξύ φοιτητών εντός της Σχολής.
"Το χειρότερο θα είναι να έχουμε σε μία στιγμή ένα επεισόδιο μεταξύ των φοιτητών του Ισλάμ και των Χριστιανών Ορθοδόξων, που είναι στον ίδιο χώρο. Κανείς δεν μπορεί να το αποτρέψει. Αν του προσβάλει το βιβλίο, ας πούμε, το Κοράνιον, να βρεθεί ένας δικός μας είτε από αμέλεια, είτε από διάθεση εκδικητική, να προσβάλλει σ' αυτούς το Κοράνιον θα δημιουργηθεί σύγκρουσις μεταξύ των φοιτητών και αυτό θα είναι ό,τι χειρότερο" είπε.
"Η ιστορία ξεκίνησε από το ενδιαφέρον κάποιων, που έχουν τη δυνατότητα να διδάξουν Ισλάμ και θέλουν να αξιοποιήσουν τις γνώσεις τους και τα πτυχία τους, δημιουργώντας ένα Τμήμα στη Θεολογική Σχολή. Πάντε το, βρε παιδί μου, στη Φιλοσοφική Σχολή, πάντε το στις Παιδαγωγικές, γιατί δεν το πάνε στην Κομοτηνή, όπου έχει Πανεπιστήμιο και έχει έδρα που είναι για τις χώρες του Ισλάμ", πρόσθεσε.
Ο κ. Άνθιμος εκτίμησε ότι, αν τελικά λειτουργήσει η Κατεύθυνση στο Τμήμα της Θεολογικής του ΑΠΘ, ίσως να μην υπάρξει ενδιαφέρον από τη μεριά των σπουδαστών, καθώς, όπως είπε, αυτό θα εξαρτηθεί "από τον χώρο της Κομοτηνής, όπου είναι η έδρα τους και οι πνευματικοί τους πατέρες, αν αυτοί δε δώσουν εντολή, δε θα ρθει κανένας΄".
Ο μητροπολίτης γνωστοποίησε ότι γίνεται προετοιμασία για μία σύναξη, "που θα είναι ειρηνική και ευπρεπής", κατά την οποία καθηγητές της Θεολογικής και Φιλοσοφικής Σχολής αλλά και επιστήμονες εκτός του χώρου θα παρουσιάσουν δεδομένα, στοιχεία και επιχειρήματα "ότι δε μπορεί να γίνει μία τέτοια συνύπαρξη στην καρδιά της Θεσσαλονίκης, στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο, που έχει μία τέτοια μεγάλη παράδοση, για τη δημιουργία χώρου διδασκαλίας του Ισλάμ".