Πολλά και σημαντικά είναι τα προβλήματα που αντιμετωπίζει ο ΟΚΑΝΑ, λόγω της υποχρηματοδότησης. Σύμφωνα με τα στοιχεία που έχουν έρθει αυτή τη στιγμή στη δημοσιότητα αδυνατεί να προμηθεύσει δωρεάν σύριγγες του χρήστες ναρκωτικών ουσιών.
Ο προϋπολογισμός του Οργανισμού το 2012 έφθασε τα 20 εκατομμύρια ευρώ, την ίδια στιγμή που οι μισθοί των εργαζομένων φτάνουν τα 21,5 εκατ. ευρώ. Αποτέλεσμα αυτής της οικονομικής κατάστασης είναι και να παρουσιάζουν έλλειψη οι σύριγγες που μοιράζονται στα στέκια των χρηστών.
Την ίδια ώρα τα κρούσματα HIV στα άτομα που δέχεται ο ΟΚΑΝΑ έχουν αύξηση 1000% και 50% στον γενικό πληθυσμό.
Αναφορικά με τη λίστα αναμονής υπάρχουν ορισμένα βήματα προόδου στην περιφέρεια, όμως στην Αθήνα η λίστα απαριθμεί 3000 χρήστες με χρόνο αναμονής τα 2,5 με 3 χρόνια.
