Η ριζική αλλαγή στον τρόπο διδασκαλίας, μπορεί να προκαλέσει θύελλα αντιδράσεων στους κόλπους της Εκκλησίας.
Ο Νίκος Φίλης δρομολογεί την "ουδετεροποίηση" του μαθήματος των Θρησκευτικών, μετατρέποντάς το σε Θρησκειολογία.
Ο υπουργός Παιδείας, όπως ανακοίνωσε την Πέμπτη από το βήμα της Βουλής, θα προχωρήσει σ' ένα πρόγραμμα αλλαγής του μαθήματος των Θρησκευτικών, "ώστε να μην είναι μάθημα ομολογιακό, κατηχητικό, αλλά μάθημα γνώσης των θρησκειών και βεβαίως της Ορθοδοξίας, αλλά και των άλλων θρησκευμάτων τα οποία περιβάλλουν τη χώρα μας ή θρησκευμάτων οι πιστοί των οποίων ζουν στη χώρα μας."
Η ριζική αλλαγή στον τρόπο διδασκαλίας των Θρησκευτικών, είχε ξεσηκώσει στο παρελθόν θύελλα αντιδράσεων στους κόλπους της Εκκλησίας. Σύμφωνα με την εφημερίδα Δημοκρατία, σε συνάντησή του με τον Αρχιεπίσκοπο Αθηνών και Πάσης Ελλάδος Ιερώνυμο ο κ. Φίλης είχε δεσμευτεί ότι δεν πρόκειται να υπάρξουν μονομερείς ενέργειες στο θέμα της διδασκαλίας των Θρησκευτικών και ότι η όποια απόφαση θα ληφθεί από κοινού με τους εκπροσώπους της Εκκλησίας.
Αντ' αυτού, σύμφωνα με την εφημερίδα "...με μια αιφνιδιαστική κίνηση την Πέμπτη ο υπουργός Παιδείας έφερε -από το βήμα της Βουλής- την Εκκλησία προ τετελεσμένων.".