Το αεροπλάνο που πιλοτάριζε, ένα αμφίβιο Πιάτζιο 136, κατέπεσε στο αεροδρόμιο του Ελληνικού, δευτερόλεπτα μετά την απογείωσή του. Ο Αλέξανδρος τραυματίστηκε βαριά και οι δύο συνεπιβάτες του ελαφρότερα. Διακομίστηκε στο ΚΑΤ, όπου άφησε την τελευταία του πνοή στις 7 το απόγευμα της 23ης Ιανουαρίου, λόγω βαρειών κρανιοεγκεφαλικών κακώσεων. Ήταν μόλις 25 ετών.
Ο Αριστοτέλης Ωνάσης μόλις έμαθε το θλιβερό μαντάτο στη Νέα Υόρκη κατέρρευσε και δεν μπορούσε να πιστέψει ότι ο αγαπημένος του γιος και διάδοχός του ήταν νεκρός. Από την πρώτη στιγμή υποστήριξε ότι το δυστύχημα δεν ήταν τυχαίο και ότι γιος του ήταν θύμα εγκληματικής ενέργειας.
Όπως αναφέρει το Πρώτο Θέμα, ως "δολοφόνοι" του Αλέξανδρου Ωνάση έχουν υποδειχθεί κατά καιρούς η CIA, ο Σταύρος Νιάρχος, η ελληνική χούντα, ο Νίξον, ακόμη και οι εργαζόμενοι στην Ολυμπιακή.
Ωστόσο, το σίγουρο ήταν μόνο ένα. Ότι ανθρώπινο χέρι είχε συνδέσει αντίστροφα τα πηδάλια του αεροπλάνου, με αποτέλεσμα να αρχίσει να χτυπάει περιστρεφόμενο στον αεροδιάδρομο απογείωσης του αεροδρομίου του Ελληνικού.
Ο υπάλληλος όμως που έκανε αυτή τη δουλειά, ο μηχανικός της Ολυμπιακής Αεροπορίας, Δημήτριος Πιπεράκης, στο απολογητικό του υπόμνημα είχε εκφράσει με απόλυτη βεβαιότητα ότι είχε συνδέσει κανονικά τα συρματόσχοινα στα πηδάλια του αεροπλάνου του Αλέξανδρου. Το πόρισμα των πραγματογνωμόνων της Πολεμικής Αεροπορίας και της Υπηρεσίας Πολιτικής Αεροπορίας, άφηνε ανοιχτό το ζήτημα μιας εκούσιας αλλοίωσης στο μηχανικό σύστημα του αμφίβιου Πιάτζιο.
Αμέσως φούντωσε και η συνωμοσιολογία. Σε αυτό έχει συμβάλλει και η απόφαση του πατέρα να επικηρύξει τους δολοφόνους του γιου του, όπως υποστήριζε, με 1.000.000 δολάρια, επικήρυξη που ισχύει μέχρι σήμερα.
Μάλιστα ποτέ δε σταμάτησαν να προσέρχονται πρόθυμοι να διαφωτίσουν την υπόθεση προσφέροντας στοιχεία για τους υποτιθέμενους φονιάδες.
Η πιο πρόσφατη αληθοφανής ιστορία συνδέει τον θάνατο του Αλέξανδρου Ωνάση με την πτώση, ένα χρόνο πριν, του λίαρ τζετ του Ωνάση στη θαλάσσια περιοχή της νότιας Γαλλίας και τον θάνατο έμπιστων πιλότων της οικογένειας.
Επρόκειτο να μεταφέρει τον Αλέξανδρο Ωνάση από τη Νίκαια στο Παρίσι, αλλά μια αναπάντεχη καθυστέρηση του αεροσκάφους στην Αθήνα απέβη καθοριστική για τα σχέδια των δολιοφθορέων πριν αυτό προσεγγίσει τον στόχο του.