Απάντηση σε όσες αντιδράσεις είχαν προκληθεί κατά καιρούς από την πλευρά τοπικών παραγόντων για τις συνενώσεις των δήμων δίνει η απόφαση του Συμβουλίου της Επικρατείας, το οποίο έκρινε συνταγματικές και νόμιμες τις συνενώσεις των δήμων και κοινοτήτων που έγιναν σύμφωνα με τον Καλλικράτη (Ν. 3852/2010).
Στο Ανώτατο Ακυρωτικό Δικαστήριο είχαν καταθέσει προσφυγές δήμοι και κοινότητες, οι περισσότεροι εκ των οποίων ανήκαν σε ορεινές περιοχές. Οι δήμοι στρεφόντουσαν κατά του Νόμου 3852/2010 και κατά αποφάσεων του υπουργού Εσωτερικών με τις οποίες καθορίσθηκε ο αριθμός των δημοτικών συμβούλων κάθε περιφέρειας, ο οποίος μάλιστα και μειώθηκε. Οι δήμοι υποστηρίζαν ότι ο Καλλικράτης είναι αντίθετος στις συνταγματικές επιταγές.
Σύμφωνα με τις αποφάσεις της Ολομέλειας, οι συνενώσεις έγιναν σύμφωνα με κριτήρια που αντιστοιχούν στο άρθρο 101 του Συντάγματος, αλλά και βάσει επιπλέον ειδικών κριτηρίων που εφαρμόστηκαν στο σύνολο των συνενώσεων σε όλη τη χώρα.
Ακόμη, οι δικαστές δέχτηκαν ότι η διάταξη του άρθρου 102 του Συντάγματος επιτρέπει κατά την άσκηση νομοθετικής ή κανονιστικής εξουσίας την ευρεία συνένωση των ΟΤΑ στο πλαίσιο ανασυγκρότησης της τοπικής αυτοδιοίκησης.
Παράλληλα, απερρίφθη ο ισχυρισμός των δήμων ότι ο Ν. 3852/2010 είναι αντίθετος στα άρθρα 26, 95 και 102 του Συντάγματος, καθώς οι καταργήσεις και ενσωματώσεις των δήμων ανά την Ελλάδα έγιναν με τον ίδιο το νόμο, χωρίς να προβλέπεται η έκδοση Προεδρικών Διαταγμάτων, υπουργικών αποφάσεων ή άλλων αποφάσεων διοικητικών οργάνων. Έτσι, με τον τρόπο αυτό οι δήμοι δεν έχουν τη δυνατότητα να προσφύγουν στα δικαστήρια και να ζητήσουν δικαστική προστασία και έλεγχο της νομιμότητας των συνενώσεων, καθώς ευθέως ο Ν. 3852/2010 δεν μπορεί να προσβληθεί στο Συμβούλιο της Επικρατείας, παρά μόνο μπορούν να προσβληθούν υπουργικές αποφάσεις, αποφάσεις νομαρχών ή άλλων φορέων, οι οποίες εκδόθηκαν σε εκτέλεση του επίμαχου νόμου.
Η μειοψηφία, η οποία δεν υπερβαίνει τους τρεις δικαστές, υποστήριξε ότι οι συνενώσεις είναι αντισυνταγματικές, καθώς δεν διευκρινίζονται με ειδική αιτιολογία τα κριτήρια που χρησιμοποιήθηκαν για την καθεμία συνένωση, όπως είναι μορφολογικές ιδιορρυθμίες της κάθε περιοχής, οι χιλιομετρικές αποστάσεις που θα πρέπει να καλύψουν οι δημότες για να μεταβούν στη νέα έδρα του δήμου, οι οικονομικές συνθήκες της κάθε περιφέρειας.