Tο νέο SKODACitigo θα είναι διαθέσιμο από το Νοέμβριο και με κινητήρα φυσικού αερίου (CNG-CompressedNaturalGas).
Τη βάση αποτελεί ο 3κύλινδρος, 1,0 λίτρου, κινητήρας, που αποδίδει πλέον 68 ίππους. Για την αποθήκευση καυσίμου, παράλληλα με το ρεζερβουάρ βενζίνης 10 λίτρων, χρησιμοποιούνται δύο δεξαμενές φυσικού αερίου συνολικής χωρητικότητας 72 λίτρων.

Το νέο CitigoCNG εφοδιάζεται με σύστημα Start/stop, με τη λειτουργία ανάκτησης ενέργειας (μετατρέπει την κινητική ενέργεια σε αξιοποιήσιμη ηλεκτρική ενέργεια, η οποία είτε αποθηκεύεται στην μπαταρία είτε χρησιμοποιείται άμεσα), και με ελαστικά μειωμένης αντίστασης κύλησης, που συμβάλουν περαιτέρω στη μείωση της κατανάλωσης καυσίμου και των εκπομπών ρύπων.
Η μέση κατανάλωση δεν ξεπερνά τα 3,8 λίτρα/100 χλμ., οι εκπομπές CO2 τα 79 γρ./χλμ. και η αυτονομία είναι μεγαλύτερη των 550 χλμ.
Η διάθεση του νέου SKODA CitigoCNG θα πραγματοποιηθεί όταν δημιουργηθούν τα πρώτα πρατήρια διάθεσης CNG.