Ο επίτιμος, πλέον, Πάπας Βενέδικτος ΙΣΤ, κατηγορήθηκε για το ναζιστικό παρελθόν του, κατά τη διάρκεια της εφηβείας του. Όμως, αυτό φαίνεται πταίσμα σε σχέση με τις κατηγορίες που έχουν έρθει στο φως για την συμμετοχή του νέου ποντίφικα Φραγκίσκου Α' – πρώην επισκόπου του Μπουένος Άιρες- στα εγκλήματα του δικτατορικού καθεστώτος της Αργεντινής (1976-1983) κατά τη διάρκεια του "βρώμικου πολέμου".
Ως ηγετικό στέλεχος της Ιησουιτικής κοινότητας το διάστημα 1973-1979, ο Χόρχε Μπεργκόλιο ήταν μέλος της Καθολικής Εκκλησίας, η οποία υποστήριξε τη χούντα και καλούσε τους πιστούς της να είναι πατριώτες. O νέος ποντίφικας είναι τώρα αντιμέτωπος με την κατηγορία της "σιωπηρής συμμετοχής" στα εγκλήματα της Χούντας, αλλά και το μοιραίο "άδειασμα" δύο αριστερών ιερέων που ανήκαν διοικητικά στην ευθύνη του.
Σύμφωνα με τον δημοσιογράφο Οράσιο Βερμπίτσκι, συγγραφέας του βιβλίου "Η Σιωπή" (El Silencio), ο Μπεργκόλιο δεν προστάτευσε τότε τους ιησουίτες ιερείς Ορλάντο Γιόριο και Φρανσίσκο Χάλικς, με αποτέλεσμα οι δύο άνδρες να χαθούν "μυστηριωδώς" τον Μάιο του 1976.
Ο Ορλάντο Γιόριο και Φρανσίσκο Χάλικς απήχθησαν από αξιωματικούς του ναυτικού και κρατήθηκαν υπό απάνθρωπες συνθήκες, όταν ο Μπεργκόλιο απέσυρε την προστασία του από τους δύο ιερείς, δίνοντας - έστω και εμμέσως πλην σαφώς - στο στρατιωτικό καθεστώς το πράσινο φως για την απαγωγή τους. Ο δημοσιογράφος στο βιβλίο του επικαλείται τον ίδιο τον τότε ιερέα Φρανσίσκο Χάλικς, ο οποίος απελευθερώθηκε μετά το βασανισμό του και πήγε σε μοναστήρι στη Γερμανία.
Ο ίδιος ο επίσκοπος Μπεργκόλιο -όταν το 2010 βρέθηκε ενώπιον της δικαιοσύνης- αρνήθηκε κάθε κατηγορία, κάνοντας λόγο για "συκοφαντίες". Αρκετοί όμως υποστηρίζουν ότι, στην καλύτερη περίπτωση, ήταν ανεκτικός με τις διώξεις και τους βασανισμούς των ιερέων που κήρυτταν στο ποίμνιο ανυπακοή στους στρατιωτικούς.
Ο Εντουάρντο ντε λα Σέλμα, συντονιστής ομάδας ιερέων της αριστερής πτέρυγας, που επικεντρώνονται σε θέματα φτωχών, είπε στο Radio de Plate ότι "ο Μπεργκόλιο είναι ένας άνθρωπος της εξουσίας και ξέρει πώς να τοποθετεί εαυτόν μεταξύ των ισχυρών. Έχω ακόμα πολλές αμφιβολίες για το ρόλο του όσον αφορά τους Ιησουίτες που εξαφανίστηκαν στη δικτατορία".
Πάντως, η συμπεριφορά της καθολικής εκκλησίας στην Αργεντινή ήταν τόσο απαράδεκτη, που το 2000 υποχρεώθηκε να ζητήσει δημοσίως συγνώμη που απέτυχε να πάρει θέση κατά των στρατηγών της δικτατορίας.
Ο Μπεργκόλιο ήταν υποψήφιος και το 2005 και ήταν δεύτερος σε ψήφους, μετα τον Πάπα Βενέδικτο. Μάλιστα, κατά την διάρκεια του τότε κονκλαβίου, φέρεται να ειχε ζητήσει από τους υπόλοιπους καρδινάλιους να "σταματήσουν να τον ψηφίζουν".
